El Ninjutsu es un arte marcial muy antiguo, sus orígenes se pierden en el tiempo aunque con certeza se remonta a más de mil años de antigüedad, tomando como punto referencial en nuestra escuela la fundación de la Togakure Ryu Ninpo Taijutsu en el siglo XII.

“En una época, hace ocho siglos, cuando el Japón se componía de muchos estados feudales independientes y la guerra era frecuente, Daisuke, de la familia Togakure, sufrió en cierta ocasión grandes pérdidas en el campo de batalla. Replegado en las montañas, recibió las enseñanzas del monje guerrero Kain Doshi. Allá, en los picos ocultos por la niebla de la provincia de Iga, Daisuke estudió arduamente un nuevo arte de combate, formas nuevas de utilizar el cuerpo y el espíritu desde una nueva perspectiva. Gracias a estas enseñanzas místicas aprendió a moverse libremente sin ser percibido y a entrenar su voluntad en la quietud. Conociendo estos secretos, Daisuke surgió de las nieblas de Iga como maestro de un concepto nuevo de auto-realización. Así nació la leyenda de los guerreros de las sombras de Togakure.”

(De un cuento sobre el origen de la Togakure Ryu Ninpo Taijutsu)

Es muy probable que sus orígenes se remonten a la introducción de las artes marciales desde China. Esta nación tuvo gran influencia en Japón en ese y otros aspectos, aunque si bien con el correr de los siglos los sistemas marciales adquirieron características propias en la nación niponaEl uso de ninjas ha sido particularmente intensivo durante el período Kamakura, entre los siglos XII y XIII, extendiéndose hasta el siglo XVI durante las guerras Sengoku Jidai,  período en el cual se unifica Japón bajo un único Shogunato.

En esa época se hicieron legendarias las historias de guerreros como Momochi Sandayu y Hattori Hanzo, y de la oposición que Nobunaga Oda tuvo hacia los ninjas de Iga intentando su exterminio. 
Cuando finalmente Tokugawa Ieyasu se establece como Shogun centralizando el poder en su persona y generando una dinastía que traería la paz a la nación por 250 años, éste fue más permisivo con ellos adoptándolos inclusive como parte de su guardia personal. 
Aún así, paradójicamente, este período de calma llevó a la extinción de la mayoría de los clanes ninja (se calcula que existieron alrededor de 3000 en su período de mayor auge), derivándose los sobrevivientes al desarrollo de un arte marcial que perduraría como espíritu vivo de los antepasados en el tiempo presente y para el futuro, adaptándose a cualquier circunstancia, ya sea de paz o de guerra.

El camino del ninja es el de la perseverancia y la supervivencia, decía Toshitsugu Takamatsu, maestro de nuestro actual Soke, el Dr. Masaaki Hatsumi.

"El color negro del uniforme del ninja es un símbolo de sobriedad y dignidad"
-Soke Masaaki Hatsumi-